政府批建機構
截至2021年2月28日，清华大学正在运行的政府部门批准建立的科研機構共163个，分别如下：
| 國家研究中心（1） |
| 北京信息科學與技術國家研究中心 |
| 國家重大科技基礎設施（4） |
| 國家蛋白質科學基礎設施（北京基地） |
| 地球系統數值模擬裝置 |
| 未來網絡試驗設施 |
| 極深地下極低輻射本底前沿物理實驗設施 |
| 國家大型科學儀器中心（2） |
| 北京電子顯微鏡中心 |
| 北京電子能譜中心 |
| 國家重點實驗室（13） |
| 化學工程聯合國家重點實驗室 |
| 環境模擬與汙染控制聯合國家重點實驗室 |
| 低維量子物理國家重點實驗室 |
| 膜生物學國家重點實驗室 |
| 精密測試技術及儀器國家重點實驗室 |
| 集成光電子學國家重點實驗室 |
| 微波與數字通信技術國家重點實驗室 |
| 智能技術與系統國家重點實驗室 |
| 水沙科學與水利水電工程國家重點實驗室 |
| 摩擦學國家重點實驗室 |
| 汽車安全與節能國家重點實驗室 |
| 電力系統及大型發電設備安全控制和仿真國家重點實驗室 |
| 新型陶瓷與精細工藝國家重點實驗室 |
| 國家工程實驗室（11） |
| 數字電視國家工程實驗室（北京） |
| 電子商務交易技術國家工程實驗室 |
| 神經調控技術國家工程實驗室 |
| 抗腫瘤蛋白質藥物國家工程實驗室 |
| 下一代互聯網核心網國家工程實驗室 |
| 特高壓工程技術（昆明、廣州）國家工程實驗室 |
| 工業酶國家工程實驗室 |
| 城市軌道交通綠色與安全建造技術國家工程實驗室 |
| 煙氣多汙染物控制技術與裝備國家工程實驗室 |
| 危爆物品掃描探測技術國家工程實驗室 |
| 大數據系統軟件國家工程實驗室 |
| 國家工程研究中心（4） |
| 光盤系統及應用技術國家工程研究中心 |
| 工業鍋爐及民用煤清潔燃燒國家工程研究中心 |
| 燃氣輪機與煤氣化聯合循環國家工程研究中心 |
| 生物芯片北京國家工程研究中心 |
| 國家工程技術研究中心（3） |
| 國家計算機集成制造系統工程技術研究中心 |
| 國家企業信息化應用支撐軟件工程技術研究中心 |
| 國家道路交通管理工程技術研究中心（清華大學分中心） |
| 國家原子能機構先進核反應堆技術創新中心（1） |
| 國家原子能機構先進核反應堆技術創新中心 |
| 重大事故防控技術支撐基地（1） |
| 城市安全重大事故防控技術支撐基地 |
| 國家國際科技合作基地（聯合研究中心）（6） |
| 新能源與環境國際研發中心 |
| 清華大學新材料國際研發中心 |
| 功能材料國際聯合研究中心 |
| 中美清潔汽車技術國際聯合研究中心 |
| 中拉清潔能源與氣候變化國際聯合研究中心 |
| 中俄航天航空創新技術國際聯合研究中心 |
| 國家國際科技合作基地（示範型合作基地）（2） |
| 摩擦學國家重點實驗室国际科技合作基地 |
| 清華大學中俄戰略合作研究所 |
| 國家産教融合平台（1） |
| 國家集成電路産教融合創新平台 |
| “一帶一路”聯合實驗室（1） |
| 中國-印尼高溫氣冷堆“一帶一路”聯合實驗室 |
| 習近平新時代中國特色社會主義思想研究院（1） |
| 清華大學習近平新時代中國特色社會主義思想研究院 |
| 清華大學－北京大學生命科學聯合中心（1） |
| 清華大學－北京大學生命科學聯合中心 |
| 教育部重點實驗室（16） |
| 生命有機磷化學及化學生物學教育部重點實驗室 |
| 工業生物催化教育部重點實驗室 |
| 應用力學教育部重點實驗室 |
| 地球系統數值模擬教育部重點實驗室 |
| 蛋白質科學教育部重點實驗室 |
| 生物信息學教育部重點實驗室 |
| 普適計算教育部重點實驗室 |
| 粒子技術與輻射成像教育部重點實驗室 |
| 信息系統安全教育部重點實驗室 |
| 生態規劃與綠色建築教育部重點實驗室 |
| 土木工程安全與耐久教育部重點實驗室 |
| 先進成形制造教育部重點實驗室 |
| 熱科學與動力工程教育部重點實驗室 |
| 先進反應堆工程與安全教育部重點實驗室 |
| 先進材料教育部重點實驗室 |
| 有機光電子與分子工程教育部重點實驗室 |
| 關鍵核心技術集成攻關大平台（1） |
| 先進核能技術集成攻關大平台 |
| 前沿科學中心（1） |
| 量子信息前沿科學中心 |
| 協同創新中心（3） |
| 先進核能技術協同創新中心 |
| 出土文獻與中國古代文明研究協同創新中心 |
| 燃氣輪機省部共建協同創新中心 |
| 高校國際合作聯合實驗室（1） |
| 高端裝備創新設計制造國際合作聯合實驗室 |
| 教育部工程研究中心（7） |
| 建築節能教育部工程研究中心（清華大學建築節能研究中心） |
| 節能增效智能化技術與裝備教育部工程研究中心 |
| 固體器件與集成技術教育部工程研究中心 |
| 清潔能源化工技術教育部工程研究中心 |
| 核電技術教育部工程研究中心 |
| 計算機網絡技術教育部工程研究中心 |
| 公共安全與應急管理教育部工程研究中心 |
| 教育部野外科學觀測研究站（2） |
| 北方缺水地區典型下墊面生態水文教育部野外科學觀測研究站 |
| 東亞遷徙鳥類與棲息地生態學教育部野外科學觀測研究站 |
| 教育部－微軟重點實驗室（1） |
| 媒體與網絡技術教育部-微軟重點實驗室 |
| 教育部人文社會科學重點研究基地（4） |
| 清華大學現代管理研究中心 |
| 清華大學技術創新研究中心 |
| 清華大學高校德育研究中心 |
| 清華大學出土文獻與中國古代文明研究中心（清華大學出土文獻研究與保護中心） |
| 教育部高等学校软科學研究基地（1） |
| 清華大學科教政策研究中心 |
| 教育部教育戰略與規劃研究中心（1） |
| 教育部－清華大學教育戰略決策與國家規劃研究中心 |
| 國家級核應急專業技術支持中心（1） |
| 國家核應急輔助決策技術支持中心 |
| 教育部-中國移動聯合實驗室（1） |
| 車聯網教育部-中國移動聯合實驗室 |
| 教育部中外人文交流中心（1） |
| 清華大學中外人文交流研究中心 |
| 其他教育部科研基地（4） |
| 國家服務外包人力資源研究院 |
| 教育部在線教育研究中心 |
| 丘成桐數學科學中心 |
| 高校思想政治理論課思想道德修養與法律基礎教材研究基地 |
| 生態環境部重點實驗室（3） |
| 國家環境保護環境微生物利用與安全控制重點實驗室 |
| 國家環境保護生態工業重點實驗室 |
| 國家環境保護大氣複合汙染來源與控制重點實驗室 |
| 生態環境部工程技術中心（1） |
| 國家環境保護技術管理與評估工程技術中心 |
| 文化和旅遊部重點實驗室（1） |
| 傳統工藝與材料研究文化部重點實驗室 |
| 文化和旅遊研究基地（2） |
| 國家文化産業研究中心（清華大學文化産業研究中心） |
| 文化和旅遊研究基地（清華大學中國發展規劃研究院） |
| 民政部政策理論研究基地（1） |
| 民政部政策理論研究基地（清華大學公益慈善研究院） |
| 新聞出版業科技與標准重點實驗室（1） |
| 數字內容防僞與安全取證重點實驗室 |
| 國家體育總局體育社會科學重點研究基地（1） |
| 清華大學國家體育總局體育社會科學重點研究基地 |
| 網絡空間國際治理研究基地（1） |
| 網絡空間國際治理研究基地 |
| 安全生産技術支撐體系專業中心實驗室（1） |
| 國家安全技術支撐體系國家級中心關鍵儲備設施火災安全與應急技術基礎研究實驗室 |
| 國家文物局重點科研基地（1） |
| 空間信息技術在文化遺産保護中的應用研究國家文物局重點科研基地（清華大學） |
| 國家中醫藥管理局中醫藥科研三級實驗室（1） |
| 中藥化學實驗室 |
| 國家藥品監督管理局重點實驗室（1） |
| 創新藥物研究與評價重點實驗室 |
| 北京高等學校高精尖創新中心（2） |
| 結構生物學高精尖創新中心 |
| 未來芯片技術高精尖創新中心 |
| 北京實驗室（3） |
| 生物醫學檢測技術及儀器北京實驗室 |
| 環境前沿技術北京實驗室 |
| 腦與認知智能北京實驗室 |
| 北京前沿研究中心（1） |
| 北京生物結構前沿研究中心 |
| 懷柔科學城（1） |
| 空地一體環境感知與智能響應研究平台 |
| 北京市重點實驗室（19） |
| 傳熱與能源利用北京市重點實驗室 |
| 綠色反應工程與工藝北京市重點實驗室 |
| 膜材料與工程北京市重點實驗室 |
| 蛋白質藥物北京市重點實驗室 |
| 精細陶瓷北京市重點實驗室 |
| 精密超精密制造裝備及控制北京市重點實驗室 |
| 二氧化碳資源利用與減排技術北京市重點實驗室 |
| 網絡多媒體北京市重點實驗室 |
| 城市綜合應急科學北京市重點實驗室 |
| 微量分析測試方法與儀器研制北京市重點實驗室 |
| 生物制造與快速成形技術北京市重點實驗室 |
| 核檢測技術北京市重點實驗室 |
| 多維多尺度計算攝像北京市重點實驗室 |
| 新興有機汙染物控制北京市重點實驗室 |
| 首都區域空間發展北京市重點實驗室 |
| 室內空氣質量評價與控制北京市重點實驗室 |
| 放射性廢物處理北京市重點實驗室 |
| 工業大數據系統與應用北京市重點實驗室 |
| 慢性疾病的免疫學研究北京市重點實驗室 |
| 北京市工程實驗室（1） |
| 電子商務交易技術北京市工程實驗室 |
| 北京市（高等學校）工程研究中心（8） |
| 北京市集中生物燃氣利用工程技術研究中心 |
| 北京市多模態醫學影像工程技術研究中心 |
| 可視媒體智能處理與內容安全北京高等學校工程研究中心 |
| 鐵路客運服務系統北京市工程研究中心 |
| 北京市無線醫療與健康工程技術研究中心 |
| 北京市生物燃料工程技術研究中心 |
| 北京市鹽堿及荒漠化地區生態修複與固碳工程技術研究中心 |
| 北京市鋼與混凝土組合結構工程技術研究中心 |
| 北京市國際科技合作基地（7） |
| 生物三維打印北京市國際科技合作基地 |
| 微納器件技術北京市國際科技合作基地 |
| 綠色能源與電力安全北京市國際科技合作基地 |
| 先進碳納米管宏觀體材料北京市國際科技合作基地 |
| 生物燃料技術創新與應用北京市國際科技合作基地 |
| 智慧城市關鍵技術北京市國際科技合作基地 |
| 城市垃圾幹發酵技術北京市國際合作示範基地 |
| 北京市哲学社会科學研究基地（2） |
| 清華大學應急管理研究基地 |
| 北京廉政建設研究基地 |
| 首都高端智庫試點單位（1） |
| 清華大學城市治理與可持續發展研究院 |
| 北京市組織學習與城市治理創新研究中心（1） |
| 北京市組織學習與城市治理創新研究中心 |
| 首都精神文明建設研究基地（1） |
| 首都網絡文明研究基地 |
| 北京高校中國特色社會主義理論研究協同創新中心（1） |
| 北京高校中國特色社會主義理論研究協同創新中心 |
| 北京市中西醫結合研究所（1） |
| 北京市中醫藥交叉研究所 |
| 機械工業重點（工程）實驗室（1） |
| 機械工業並混聯機構及控制實驗室 |
| 中國文藝評論基地（1） |
| 中國文藝評論基地 |