組織機構
| 黨委辦公室 | 黨委組織部 | 黨委宣傳部 |
| 黨委統戰部 | 黨委教師工作部 | 黨委學生部 |
| 黨委研究生工作部 | 黨委離退休工作部 | 黨委保衛部 |
| 黨委武裝部 （國防教育與人才培養辦公室） |
黨委巡察工作辦公室 | 紀委辦公室 |
| 工會 | 共青團委員會 | |
| 校長辦公室 | 教務處 | 研究生院 |
| 科研院 | 文科建設處 |
發展規劃處 (學科規劃與建設辦公室) |
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國際合作與交流處
港澳台辦公室 |
人事處 | 學生處 |
| 終身教育處 | 離退休工作處 | 實驗室管理處 |
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總會計師辦公室 經營性資産管理辦公室 |
財務處 | 監察室 |
| 審計室 | 基建規劃處 | 資産管理處 |
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總務長辦公室
後勤管理處 |
保衛處 | 新聞中心 |
| 信息化工作辦公室 | 政策研究室 |
文化建設辦公室 （文物保護辦公室） |
| 法治與法務辦公室 | ||
| 先進技術院 | 人才資源開發辦公室 | 會計核算中心 |
| 房屋管理服務中心 | 保密管理辦公室 | 國內合作辦公室 |
| 注冊中心 | 招生辦公室（本科） | 研究生招生辦公室 |
| 學生職業發展指导中心 | 教師發展中心 | 職工發展中心 |
| 檔案館 |
校史研究室 （黨史研究室、校史館） |
圖書館 |
| 信息化技術中心 | 藝術博物館 | 科學博物館（籌） |
| 技術轉移研究院 | 智庫中心 | 出版社 |
| 接待服務中心 | 修繕校園管理中心 | 飲食服務中心 |
| 學生社區管理服務中心 | 清華大學醫院 | 校友工作辦公室 清華校友總會 |
| 清華大學教育基金會 | 清華大學附屬中學 | 清華大學附屬小學 |
| 清華大學潔華幼兒園 |
北京華信醫院 （清華大學第一附屬醫院） |
清華大學玉泉醫院 （清華大學第二附屬醫院） |
| 北京清華長庚醫院 | ||
| 清華園街道辦事處 | 清華控股有限公司 | |
| 深圳清華大學研究院 | 北京清華工業開發研究院 | 河北清華發展研究院 |
| 浙江清華長三角研究院 | 清華海峽研究院 | 清華珠三角研究院 |
| 上海清華國際創新中心 |